?中国农业大学陈艳梅团队综述植物蛋白质组学研

植物细胞中的蛋白质具有高度的多样性和复杂性，如蛋白合成和周转率差异性大、结构高度复杂、多种翻译后修饰、复杂的互作网络和变化多样的亚细胞定位等方面，这些性质彻底改变了早期认为的“one gene, one protein, one function“的法则。那么如何探索植物细胞中蛋白质的多样性？

近日，JIPB专辑“Plant Proteomics”在线发表了由中国农业大学为主，与国内多个大学联合完成的综述论文“Exploring the diversity of plant proteome”( src="http://p2.qhimgs4.com/t01acac112f8cb56ae8.jpg">图1. 细胞器蛋白质组学不同分析策略

以质谱技术为主的蛋白质组学方法研究蛋白质功能具有高通量、高分辨率的优势，使用该技术近年来在植物蛋白质研究领域取得重要的成果。该综述先叙述了如何大规模提高蛋白质覆盖度和检测率的不同方法，讨论了分析翻译后修饰，如磷酸化、泛素化和糖基化等修饰的技术挑战及其解决方法，对比了不同富集方法优缺点和应用范围。还重点探讨了当前研究亚细胞组分的蛋白质组学技术，如PCP（Protein Correlation Profiling）和LOPIT技术。PCP和LOPIT克服了使用传统技术纯化某一个细胞器所有的局限性，如来自其它细胞器蛋白的污染；针对参与分泌途径等高度动态过程中的蛋白质无法精确定位，定量和检测等。PCP和LOPIT提供了一种全新方法，使用这类方法不需要针对特定细胞器的分离，能一次性有效分离和检测多个细胞器的蛋白组分；此外，还能检测和定位在不同亚细胞器和膜系统之间移动的蛋白质，有效地提高了亚细胞蛋白质的鉴定覆盖度和精确性。克服了常规实验室分离亚细胞器过程中的技术挑战（图1）。该综述还就稳定性同位素技术研究蛋白质合成和周转效率的应用和最新研究进展进行了归纳，并提出了在实际应用中需要注意的问题。该论文从多方面总结了常用于研究蛋白质组学的多种技术，为进一步拓展到多维度热点研究领域中提供了新思路。

陈艳梅老师近年来在质谱技术和蛋白质组学方法方面取得一系列进展，如利用磷酸化蛋白质组学研究植物营养吸收以及逆境胁迫生理机制。并数次受邀在国际知名综述刊物Trends in Plant Science发表相关领域综述文章。

中国农业大学作为该论文的第一单位，陈艳梅老师为第一作者和通讯作者，河南农业大学王祎博士、上海辰山植物园杨俊研究员、中国农科院作物所周文彬研究员、上海师范大学戴绍军教授参与了该工作。该论文得到了国家自然科学基金项目的资助。

参考文献：

1. Chen, Y., and Heohenwarter, W. (2015). Changes in the phosphoproteome and metabolome link early signaling events to rearrangement of photosynthesis and central metabolism in salinity and oxidative stress response :3021-3033.

2. Chen, Y., and Hoehenwarter, W. (2019). Rapid and reproducible phosphopeptide enrichment by tandem metal oxide affinity chromatography: Application to boron deficiency induced J.98:370-384.

3. Chen, Y., and Weckwerth, W. (2020). Mass spectrometry untangles plant membrane protein signaling Plant Sci.25:930-944.

4. Chen, Y., and Heazlewood, J. (2021). Organellar proteomic profiling to analyze membrane trafficking Plant Sci. 26: 299-300.

Journal of Integrative Plant Biology（JIPB）是由中科学院主管、中国科学院植物研究所和中国植物学会共同主办，Wiley出版的同行评审月刊。JIPB面向全球，刊发整合植物生物学研究的重要创新成果，包括宏观和微观领域有创新性的重要研究论文、特邀综述、突破性报道、新资源、新技术和评论性文章。2019年2年SCI 影响因子是4.885，位于植物学TOP7.3%，已连续8年处于SCI的Q1区。Scopus数据库中CiteScore是8.1，位于 TOP4.2%。2019年，JIPB进入中国科学院期刊分区Q1区，并入选中国科技期刊卓越行动计划。

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文章来源：《植物生理学报》 网址: http://www.zwslxbzz.cn/zonghexinwen/2021/0310/551.html